Por medio de Decreto Legislativo No. 697, emitido el 2 de septiembre de 1999, publicado en el Diario Oficial No. 181, Tomo No. 344, del 30 de septiembre de 1999, se aprobó la Ley de Bancos, la cual en su título VI creó al Instituto de Garantía de Depósitos (IGD), como una Institución Pública, de Crédito, Autónoma, cuyo objeto es garantizar los depósitos del público en sus instituciones miembros (IMI’s).

El 1 de Noviembre de 1999 inició operaciones el Instituto, siendo su principal objetivo garantizar los depósitos del público bajo las modalidades que establece la Ley. El IGD fue la primera institución de este tipo a nivel centroamericano, e inició sus operaciones con 15 instituciones miembros.

El 1 de enero de 2001, entra en vigencia la Ley de Integración Monetaria en la que se establece que el BCR podrá otorgar financiamiento al IGD para los propósitos establecidos en el Art. 179 de la Ley de Bancos. Con la vigencia de esta Ley, se trasladó al Banco Central la facultad del IGD de administrar directamente el fondo de garantía; por lo que dichos fondos a medida se fueron redimiendo se depositaron para su administración en el BCR, y únicamente pueden ser utilizados para los fines que fue creado el Instituto. En decreto legislativo No.390 del 20 de abril de 2001, se establece que no se aplicarán al Instituto las regulaciones de la Ley Orgánica de la Administración Financiera del Estado.

El 21 de agosto de 2002, por medio del Decreto Legislativo No. 955, se aprobaron modificaciones a la Ley de Bancos, incluyendo aspectos relacionados con las funciones del IGD, principalmente en la forma de participación en el proceso de reestructuración de bancos. Se eliminó la facultad del IGD de apoyar a IMI´s en marcha; se mantuvo la facultad de apoyo financiero a una reestructuración, en caso que se decida el cierre de parte de la SSF. Se facultó al IGD para emitir normas de divulgación de la garantía y para tener acceso directo a la información de una IMI en proceso de regularización.

El 30 de julio de 2008, la Asamblea Legislativa, emitió el Decreto Legislativo No. 693, publicado en el Diario Oficial No.178, Tomo número 380 del 24 de septiembre de 2008, en el que se aprobaron diversas reformas a la Ley de Intermediarios Financieros No Bancarios, incluyendo el cambio de nombre a “Ley de Bancos Cooperativos y Sociedades de Ahorro y Crédito”, señalando que a partir del 1 de enero de 2009, se incorporan como miembros del IGD, los Bancos Cooperativos.

El 1 de enero de 2009, se integran como miembros del Instituto, seis entidades cooperativas y se conforma el Comité de Administración como un nuevo órgano de dirección.

El 9 de diciembre del 2009 entró en vigencia el Decreto Ejecutivo No. 96 mediante el cual se crea el Gabinete de Gestión Financiera, el cual tiene como objetivo impulsar que el Sistema Financiero cumpla su rol de promotor del crecimiento y sostenibilidad de la economía nacional. El Presidente del Instituto forma parte de este gabinete.

El 13 de Septiembre de 2013, por medio del Decreto Ejecutivo número 172, se crea el Comité de Riesgo Sistémico, el cual está integrado por los titulares del Ministerio de Hacienda, Banco Central de Reserva, Superintendencia del Sistema Financiero e IGD. Este Comité tiene por objeto velar por la estabilidad del Sistema Financiero, monitoreando la evolución de los riesgos en el mismo. Además este Comité gestionará los eventos de crisis financieras que pudieran manifestarse.